Был расположен примерно в 180 километрах от Архангельска (в бывшем Холмогорском уезде) на реке Ёмце, впадающей в Двину. Первый раз упомянут в 1587 году, время основания неизвестно. В 1613 году Холмогорский воевода, князь Петр Иванович Пронский опасаясь набегов польских войск уничтожил монастырь, а инокинь перевёл в Покровский Емецкий монастырь.

...Одним из первых был приписан к Сийскому монастырю Емецкий Иоанно-Предтеченский женский монастырь, упоминаемый еще в писцовой книге Василия Звенигородского в 1587 г.: «на монастыре церковь Иоанна Предтечи древяна вверх, а другая церковь Георгия страстотерпца древянная же. А в церквах образа и книги и свечи и колокола и все церковное строение прихожан и Сийского монастыря. На монастыре 12 келлий, а в них живут старицы»(3). У этого монастырька была также своя, хотя и небольшая вотчина – «четыре деревни живущих, а в них пашни четыре обжи.... та церковь Иоанна Предтечи стоит на монастырской земли на Никулиной деревне и Кощевой горе». Монастырь был очень беден, поэтому ему оказывалась помощь от казны. Царскою грамотою государя Федора Ивановича велено было «Двинским холмогорским данщиком давать в монастырь милостины из государевых данных денег на Колмогорах по двенадцати рублев с половиною на год». Эта милостинная грамота хранилась в Сийском монастыре(4).
Исторические события начала XVII века круто изменили судьбу этой обители. В 1613 году остатки разбитого польского войска из корпуса Лисовского, разбитого под Москвой, уходили к границам Русского государства, по пути обрастая и русскими лихими людьми. Они нападали на мирные поселения, в том числе и монастыри, убивали, грабили, бесчинствовали. Когда тревожная весть о их приближении достигла Холмогор, то двинской воевода Петр Иванович Пронский решил укрепить подступы к городу, устроив острог, используя постройки Емецкого монастыря, так как строить что-то вновь было уже некогда.. Монахинь переселили в ближайший мужской монастырь, монахов оттуда предварительно перевели в Сийский(5). История Емецкого Иоанновского монастыря на этом закончилась, он больше не возобновлялся.
Емецкий Покровский монастырь, где поселись монахини Иоанновского монастыря, после завершения военных действий также стал принадлежать Сийскому по грамоте царя и великого князя Михаила Федоровича за приписью дьяка Богдана Тимофеева от 2 марта 1616 году данной. По этой грамоте велено «Покровский монастырь ведать Сийскому монастырю так, как прежний Ивановский ведали со всеми отчинами Ивановского и Покровского монастырей».
Монастырь не стали возобновлять как мужской, оставили в нем иоанновских монахинь. Покровский монастырь просуществовал до 1760 г. и был уничтожен сильным пожаром, тогда же сгорел и старинный острог и большая часть Емецка. После пожара были восстановлены сгоревшие храмы, но они уже не были монастырскими, а стали приходскими, также как и бывшие монастырские крестьяне.